De acordo com a Portaria nº190, de 23 de setembro de 2011, o CEP/FEPECS tem por finalidade a apreciação ética resguardando os princípios científicos dos projetos de pesquisa que envolvem seres humanos a serem desenvolvidos no âmbito da SES-DF e entidades vinculadas, bem como o acompanhamento destes, preservando os aspectos éticos, em defesa da integridade e dignidade dos sujeitos da pesquisa, individual ou coletivamente considerados.
É vedado, no âmbito da SES-DF ou entidade vinculada, o desenvolvimento de pesquisas envolvendo seres humanos sem a prévia e expressa aprovação do projeto de pesquisa pelo CEP/FEPECS, sendo que a captação e/ou triagem de usuários da SES-DF para participação em projetos de pesquisa só poderá ser realizada após aprovação do projeto pelo CEP/FEPECS. Segundo a Portaria 190/2011, o servidor que descumprir o estabelecido ou anuir expressa ou tacitamente com o desenvolvimento de pesquisas envolvendo seres humanos sem a aprovação do projeto pelo CEP/FEPECS responderá a Processo Administrativo Disciplinar.