A Fundação de Ensino e Pesquisa em Ciência da Saúde funciona como a mantenedora das instituições de ensino da Secretaria de Estado de Saúde, considerando as características das atividades desenvolvidas, subordinadas a legislações específicas que orientam cada uma das respectivas modalidades: Escolas de Ensino Superior em Ciências da Saúde, Escola Técnica de Saúde de Brasília e a Escola de Aperfeiçoamento do Sistema Único de Saúde; tendo como Presidente o Secretário de Estado de Saúde do Distrito Federal.
A finalidade da FEPECS é promover e apoiar a evolução da educação profissional (nível técnico, graduação, pós-graduação, pesquisa, extensão, treinamento e capacitação) e o desenvolvimento científico e tecnológico com base nos princípios e diretrizes do Sistema Único de Saúde. O desenvolvimento histórico do processo de ensino em saúde no Distrito Federal, cujo resultado atual é a Fundação de Ensino e Pesquisa em Ciências da Saúde (FEPECS), teve início em 17 de junho de 1960, com a criação da Fundação Hospitalar do Distrito Federal (FHDF). O objetivo era atribuir ao sistema de saúde um caráter dinâmico que se distinguisse das limitações impostas pelo serviço público tradicional. Para tal foi criada a Escola de Auxiliares de Enfermagem de Brasília (EAEB) buscando a formação específica de Auxiliares de Enfermagem para a FHDF, que contribuiriam com qualidade técnica e profissional à organização dos serviços de assistência em saúde. Em 1973, depois de reconhecida como estabelecimento de ensino profissionalizante pela Secretaria de Educação e Cultura (SEC/DF), passa a denominar-se Escola Técnica de Enfermagem de Brasília (ETESB).
Sua missão ampliou-se abrangendo a partir de então a formação de recursos humanos em nível técnico correspondente às necessidades do Sistema de Saúde e de acordo com a legislação de ensino vigente no país. A princípio eram ofertados apenas cursos em nível técnico e de auxiliar de enfermagem. Com a implantação do Projeto do Centro Interescolar de Saúde de Brasília (CISB), abriu-se um leque de habilitações nas áreas de diagnóstico e tratamento, passando-se a oferecer também cursos profissionalizantes para a formação de técnicos e auxiliares de Laboratório.
A especialização médica foi outro marco da atividade de ensino da SES-DF que, já em 1960, criou um curso para o aperfeiçoamento técnico desses profissionais. Quatro anos mais tarde, foi instituído o sistema de Residência Médica e Internato. Com a criação da Comissão Nacional de Residência Médica, em 05 de setembro de 1977, a Residência começa a ser regulamentada e em 09 de julho de 1981, é publicada no Diário Oficial da União a Lei nº 6.932 que dispõe sobre as atividades do médico residente.
Em 1986 implanta-se, à luz da Resolução nº 01/86-FHDF, o Centro de Desenvolvimento de Recursos Humanos para a Saúde (CEDRHUS): órgão de ensino especializado na capacitação de servidores da FHDF para a execução das ações de saúde dirigidas à clientela do SUS. Sua estrutura já contemplava as Seções de Ensino e Aperfeiçoamento de nível superior e médio.
Em 1987, o CEDRHUS passa a subordinar-se diretamente à Diretoria Executiva da FHDF. Este remanejamento viabiliza a recomposição da estrutura administrativo-escolar e aprovação de um novo Regimento Escolar, acoplando a ETESB na nova estrutura administrativa do CEDRHUS. Esta estrutura também contemplou um setor específico para a coordenação da residência médica e
internato e outro setor para o desenvolvimento das demais atividades de treinamento e capacitação da FHDF.
O CEDRHUS estabeleceu-se, portanto, como um órgão formulador de políticas de desenvolvimento de recursos humanos para a saúde no DF, agregando a competência de analisar os processos referentes à concessão de bolsas de estudo aos servidores, treinamento em serviço, estágios curriculares de nível médio e superior e atividades práticas de aprendizagem nas unidades da SES.
Em 12 de janeiro de 2001, por meio da Lei nº 2.676, foi criada a Fundação de Ensino e Pesquisa em Ciências da Saúde (FEPECS), que tem por estatuto social o Anexo III do Decreto nº.26.128 de 19 de agosto de 2008, publicado no DODF nº. 22/08/2005 e sua estrutura organizacional regida nos termos do Decreto nº. 34.593 de 22 de agosto de 2013, publicado no DODF nº.23/08/2013.