A Fundação de Ensino e Pesquisa em Ciências da Saúde (FEPECS) é mantenedora de três Escolas:
• Escola Técnica de Saúde de Brasília (ETESB), http://www.etesb.fepecs.edu.br/;
• Escola Superior de Ciências da Saúde (ESCS), http://www.escs.edu.br/, e
• Escola de Aperfeiçoamento do SUS (EAPSUS), http://www.fepecs.edu.br/index.php/home-eapsus.
A Presidência é exercida pelo Secretário de Estado de Saúde do Distrito Federal, a quem compete representar a Fundação.
À Diretoria Executiva compete a gestão, conforme orientações da Presidência, dos assuntos de natureza administrativa, patrimonial e financeira.
À Direção da Escola Técnica de Saúde de Brasília (ETESB) compete dirigir, coordenar e administrar a ETESB, Instituição de Ensino Profissional integrante do Sistema de Ensino do DF e da Rede de Escolas Técnicas do SUS (RETSUS), responsável pela oferta de cursos na educação profissional técnica e pós-técnica e a formação inicial e continuada de trabalhadores na área da saúde.
À Direção da Escola Superior de Ciências da Saúde (ESCS) compete dirigir, coordenar, administrar e representar a ESCS, Instituição de Ensino Superior integrante do Sistema de Ensino do DF, responsável em ministrar, desenvolver e aperfeiçoar o ensino-aprendizagem das Ciências da Saúde, mediante a oferta de cursos de graduação (medicina e enfermagem), pós-graduação lato sensu (especialização e residências) e stricto sensu (mestrado e doutorado), pesquisa, extensão e outros na área da saúde.
À Direção da Escola de Aperfeiçoamento do SUS (EAPSUS) compete dirigir, coordenar, administrar e representar a EAPSUS, Escola de Aperfeiçoamento do SUS (EAPSUS), que atua no desenvolvimento de atividades educativas em saúde, abrangendo a educação permanente e continuada dos servidores da SES/DF, profissionais de saúde e atores envolvidos com o controle social, responsável pelo gerenciamento de cenários de aprendizagem na SES/DF.
À Biblioteca Central (BCE) compete assegurar infraestrutura técnica e de informação científica aos cursos técnico, de graduação, pós-graduação, aperfeiçoamento, pesquisa e extensão das escolas mantidas pela FEPECS.
À Unidade de Administração Geral (UAG) compete dirigir, coordenar e controlar a execução setorial das atividades de orçamento e finanças, gestão de pessoas, administração de material, patrimônio, serviços gerais, documentação, transporte, tecnologia da informação e recursos audiovisuais.